|
|
Genotypizace u makaků ve výzkumu infekce virem HIV
Matula, Jan ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Moderní výzkum virových onemocnění je závislý na analýze genetických dat a to nejen samotných virových sekvencí, ale i specifických receptorů, které na virové onemocnění reagují. Tato práce představuje balíček nástrojů vytvořený v programovacím jazyce R s využitím nadstavby Bioconductor pro zpracování dat produkovaných next generation sekvenátory. Balíček využívá pokročilý algoritmus SSAHA pro porovnávání neznámých sekvencí DNA s referenční databází. Funkčnost balíčku je demonstrována na datech získaných sekvenováním MHC a KIR receptorů HIV pozitivních makaků na platformě Roche 454.
|
|
|
Conservation genetics of Galápagos mockingbirds: from immune genes to genomes
VLČEK, Jakub
In this thesis I have dealt with the population genetic processes of mockingbirds in the Galápagos Islands ( Mimus ) in relation to the limited island area, from the perspective of two types of immune genes and the genome-wide approach. The thesis starts with an introduction to population genetic concepts relevant to conservation genetics followed by description of immune genes: the major histocompatibility complex (MHC) and the Toll-like receptors (TLR). In the final part of the introduction, I address how genetic drift, selection and inbreeding shape genome-wide genetic patterns in small populations. The introduction is followed by four chapters, beginning with an examination of MHCII polymorphism in populations of mockingbirds in the Galápagos Islands. The study of the relationship between MHCII and the abundance of ectoparasites is the content of the second chapter. The third chapter shows how polymorphism of TLRs is shaped by interaction of genetic drift and natural selection. The last chapter deals with the effects of limited island size on inbreeding and genetic load, supported by inferences of the past demography of mockingbirds. The thesis concludes with a summary of the results and their potential implications in the field of conservation genetics.
|
|
|
Vliv bottlenecku a selekce na variabilitu MHC genů v reliktních a nově vzniklých populacích bobra evropského
Náhlovský, Jan ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent)
MHC glykoproteiny jsou zásadní součástí adaptivní imunity, navíc mohou hrát roli i při volbě partnerů. MHC geny jsou pak ze všech známých genů nejvariabilnější. Z těchto důvodů jsou již několik desítek let objektem intenzivního zájmu molekulárních ekologů. Výzkum ale kromě extrémní variability komplikují také časté duplikace. Zajímavým modelem se zdá být bobr evropský. Na konci předminulého století prošel dramatickým bottleneckem, kdy po celém světě přežilo pouze zhruba 1200 jedinců v několika izolovaných reliktních populacích. Díky četným reintrodukcím se dnes bobři s rozličným původem potkávají v nově ustavených admixovaných populacích. Znalosti o MHC bobrů však byly značně omezené, byly známy sekvence pouze z jednoho lokusu a některé reliktní populace nebyly vůbec prosekvenovány. Díky doplnění o vzorky ze zbývajících reliktních populací a přidání dalšího lokusu jsem potvrdil výraznou redukci variability bobřích MHC genů a zároveň nalezl známky působení selekce v minulosti. Dále jsem vyšetřil situaci ve dvou nově ustavených populacích. Potvrdil jsem zde probíhající selekci, konkrétně porušení cytonukleární rovnováhy a výhodu divergentních alel (DAA). Máme zde tedy unikátní možnost nahlédnout do různých oken historie bobřích populací: V minulosti byla diverzita MHC formována kombinací pozitivní a...
|
|
|
Vliv hormonální antikoncepce při výběru partnera na následnou spokojenost ve vztahu
Fiurašková, Kateřina ; Havlíček, Jan (vedoucí práce) ; Pastor, Zlatko (oponent)
Studie zabývající se vlivem hormonální antikoncepce na partnerskou spokojenost vykazují značně nesourodé výsledky. Tyto nesrovnalosti se snaží vysvětlit tzv. kongruenční hypotéza, podle které může mít na spokojenost ve vztahu vliv shoda nebo neshoda v aktuálním užívání hormonální antikoncepce a užívání při seznámení s partnerem. Protože se ukázalo, že může užívání hormonální antikoncepce ovlivňovat partnerské preference žen, mohlo by u žen, které vykazují neshodu v užívání hormonální antikoncepce, dojít ke změně, v tom, jak ji sexuálně přitahuje její partner. Předchozí studie ukázaly, že ženy, u nichž byla neshoda v užívání hormonální antikoncepce při seznámení a aktuálním užívání, vykazovaly nižší spokojenost v sexuálním životě se svým partnerem, celkově však byly v partnerství spíše spokojené. Cílem naší studie bylo ověřit tyto výsledky na dvou souborech párů (páry docházející do centra asistované reprodukce a těhotné ženy a jejich partneři). Na základě výsledků předchozích studií jsme očekávali, že ženy, které při seznámení s partnerem užívaly hormonální antikoncepci, avšak v současné době ji neužívají, budou vykazovat nižší míru sexuální spokojenosti oproti ženám, které hormonální antikoncepci v době seznámení neužívaly. Studie se zúčastnilo celkem 660 párů z centra asistované reprodukce a 123...
|
|
|
Mezidruhový polymorfismus imunitních genů u volně žijících zvířat
Těšický, Martin ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Matiašovic, Ján (oponent)
Mezidruhový polymorfismus (TSP) je popisován jako výskyt identických či podobných alel u příbuzných druhů. TSP nezahrnuje případy, kdy podobnost vznikla konvergencí, popisuje pouze situace, kdy byl sdílený polymorfismus dceřiných druhů zděděn od společného předka. Neutrální TSP je běžným jevem doprovázejícím speciaci a s narůstající dobou od divergence obvykle vymizí. Z hlediska evoluce imunitního systému a zajištění rezistence hostitele proti parazitům je mnohem důležitější tzv. balancovaný TSP. U funkčně významných lokusů imunitních genů může být dlouhodobě udržován desítky milionů let mechanismem balancující selekce. Tato práce shrnuje soudobé poznatky o TSP imunitních genů především u volně žijících živočichů. Zabývá se evolučními faktory ovlivňujícími šíři a dobu perzistence TSP, evolučními mechanismy zdánlivě připomínajícími TSP a obtížemi stanovení TSP. Většina studií zabývajících se TSP se soustřeďuje pouze na popis sekvencí vazebných míst klasických genů hlavního histokompatibilního komplexu (MHC I a MHC II). Naše znalosti o dalších imunitních genech, u nichž můžeme potenciálně předpokládat TSP, obzvláště u genů vrozené imunity, jsou pak naprosto nedostatečné. I u nejlépe prozkoumaných MHC chybějí rozsáhlé komparativní studie s dostatečným počtem jedinců na druh, které by se snažily...
|
|
|
Genotypizace u makaků ve výzkumu infekce virem HIV
Matula, Jan ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Moderní výzkum virových onemocnění je závislý na analýze genetických dat a to nejen samotných virových sekvencí, ale i specifických receptorů, které na virové onemocnění reagují. Tato práce představuje balíček nástrojů vytvořený v programovacím jazyce R s využitím nadstavby Bioconductor pro zpracování dat produkovaných next generation sekvenátory. Balíček využívá pokročilý algoritmus SSAHA pro porovnávání neznámých sekvencí DNA s referenční databází. Funkčnost balíčku je demonstrována na datech získaných sekvenováním MHC a KIR receptorů HIV pozitivních makaků na platformě Roche 454.
|
|
|
Variability of MHC class II \recke{beta} gene in Galápagos mockingbirds
VLČEK, Jakub
Understanding the dynamics of functional genetic variability in small populations can have important implications in their conservation. I screened the variation of MHC II gene in Galapagos mockingbirds to evaluate the evolutionary forces that shaped the genetic variation. I found out that genetic drift affected the MHC variation together with a specific form of natural selection. Although the MHC is supposed to be under a pathogen-mediated selection I found no evidence for this theory in the mockingbird study system.
|
|
| |
host ::
RSS.